La contribución española a Natura 2000 es muy relevante. Según datos de la Comisión Europea de diciembre de 2008, España aporta:
- 567 Zonas de Protección Especial (ZPE): unos 97.318 km2.
- 1.434 Lugares de Interés comunitario (LIC): unos 123.716 km2
La Lista Nacional de sitios Natura 2000 está estructurada en cuatro regiones biogeográficas -alpina (gran parte de los Pirineos) atlántica (España Cantábrica), mediterránea y macaronésica (Islas Canarias)- y la han propuesto las Comunidades Autónomas a la Dirección General de Medio Natural y Política forestal, Ministerio de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino quien actuó como coordinador general de todo el proceso y fue el responsable de su transmisión oficial a la Comisión Europea. Las listas de las cuatro regiones fueron ya aprobadas por la Comisión en distintos años.